Elizabeth Finkel

Les chercheurs ont identifié certains des principaux suspects dans le plus grand mystère du «qui l’a fait» de l’évolution humaine: qui étaient les Denisoviens?

Dans une étude publiée dans Nature Ecology and Evolution, une équipe – dirigée par le généticien des populations João Teixeira de l’Université d’Adélaïde en Australie – a tenté de déterminer l’identité de ces anciens humains énigmatiques en utilisant l’IA pour sonder profondément le ADN des peuples modernes d’Asie du Sud-Est

«Les Denisoviens obligent les gens à repenser ce qu’ils pensaient savoir», déclare Teixeira, qui a collaboré avec Murray Cox à l’Université Massey, en Nouvelle-Zélande; Guy Jacobs de l’Université de Cambridge, Royaume-Uni; Chris Stringer au Natural History Museum de Londres; et Kris Helgen au Australian Museum de Sydney

Les Denisovans ne sont connus que par quelques restes clairsemés, y compris l’ADN d’os et de dents sibériens vieux de 200 000 ans, ainsi que les protéines de collagène d’un fragment de mâchoire vieux de 160000 ans au Tibet Curieusement, ces morceaux d’os et de dents ne correspondent à aucun des fossiles connus de l’arbre généalogique humain

En 2010, l’ADN extrait de l’os du doigt a confirmé qu’il s’agissait d’une toute nouvelle espèce (ou sous-espèce – les taxonomistes ne peuvent pas être d’accord) Mais les Denisoviens ne sont pas seulement une curieuse relique de notre passé – nous portons encore aujourd’hui des morceaux importants de leur ADN, ce qui suggère qu’ils se sont croisés avec des humains modernes il y a 55 000 à 30 000 ans. Les études génétiques révèlent très peu d’ADN de Denisovan chez les Européens et les Asiatiques modernes (moins de 01%), mais des pourcentages élevés (environ 4%) en Nouvelle-Guinée et en Australie et dans les Mamanwa des Philippines, des personnes d’ascendance des chasseurs-cueilleurs traditionnels de l’Asie-Pacifique (À titre de comparaison, l’ADN de Néandertal se trouve dans toutes les populations en dehors de l’Afrique à 1–3%) Cela suggère que les plus récents rendez-vous entre les Denisoviens et les humains modernes ont eu lieu en Nouvelle-Guinée et en Australie

Alors qui étaient exactement ces randonneurs transeurasiens? Et pourquoi n’avons-nous pas retrouvé leurs restes en Asie du Sud-Est? Ou est-il possible que nous ayons mal identifié les humains fossiles existants – et certains pourraient en fait être le mystère des Denisoviens «du sud»? Le problème est qu’aucun des principaux suspects de fossiles ne se présente avec son ADN: les tropiques sont méchants en matière de préservation

Pour contourner ce problème, cette nouvelle étude a déployé l’IA pour détecter les signatures cryptiques des anciens humains dans l’ADN des peuples modernes de l’île d’Asie du Sud-Est (ISEA).

Jusqu’à récemment, la liste des suspects fossiles de Denisovan en Asie du Sud-Est aurait été limitée au lourd Homo erectus de Java, qui avait une taille de cerveau approchant celle des humains modernes, a quitté l’Afrique vers 1Il y a 9 millions d’années et parcourait Java à partir de 1Il y a 5 millions d’années à 108000 ans En 2004, l’espèce naine H floresiensis a rejoint la liste des suspects Connus pour avoir vécu sur l’île de Flores il y a à peine 60000 ans, les individus mesuraient un mètre de haut et avaient une capacité cérébrale de 426 centimètres cubes, soit environ un tiers de celle d’un humain moderne. En 2019, le tout aussi nain H luzonensis a été ajouté à la liste; des restes fossiles de l’île de Luzon aux Philippines révèlent que cet hominidé mesurait environ un mètre de haut et existait pendant une période similaire.

Ces trois espèces sont appelées «super-archaïques» En ce qui concerne leur place dans l’arbre généalogique des hominidés, la plupart des anthropologues les placent sur une branche qui s’est séparée de notre lignée il y a deux millions d’années.

Pour tester si l’un de ces super-archaïques pourrait être Denisovans, Teixeira et son équipe ont formé une IA à utiliser un modèle de Markov caché pour «marcher» le long du code ADN, reniflant un ADN vieux de deux millions d’années. Grâce aux efforts d’Herawati Sudoyo de l’Institut Eijkman de biologie moléculaire de Jakarta, qui a minutieusement recueilli des échantillons de tissus provenant de populations isolées allant des petites îles aux hauts plateaux reculés de Nouvelle-Guinée, l’IA a pu sonder les génomes de 426 personnes de l’ISEA. – des populations qui semblent avoir acquis leur ADN de Denisovan il y a à peine 30000 ans Cette méthode de recherche aiguille dans une botte de foin peut détecter des traces de code super-archaïque qui représentent 01% de l’ADN – «un ancêtre sur mille», souligne Teixeira

La première étape a consisté à masquer les signatures de Néandertal et de Denisovan, ainsi que toutes les variantes de signatures également trouvées dans les populations africaines. Cela a sensibilisé l’algorithme à voir toute nouvelle signature apparue dans ISEA

Une légère odeur d’ADN super-archaïque vieux de deux millions d’années a été identifiée, mais elle n’était pas assez forte pour convaincre les auteurs que cela a été introduit par un hominidé Il peut s’agir d’un «artefact méthodologique»: une signature restante du mélange entre Denisovans et un super-archaïque dans l’hémisphère nord, peut-être H erectus – une découverte que d’autres comme Melissa Hubisz de l’Université Cornell ont rapportée

Quoi qu’il en soit, les auteurs conviennent qu’il n’y a aucune preuve concluante d’une nouvelle signature super-archaïque chez les personnes de l’ISEA

L’anthropologue de l’Université du Wisconsin John Hawks, qui n’a pas participé à l’étude, trouve qu’il s’agit d’un travail convaincant – d’autant plus que des rapports précédents suggéraient de telles signatures chez les populations indiennes et asiatiques

« La recherche de super-archaïques est une cible riche », dit-il «Il a fallu que quelqu’un utilise des méthodes plus modernes qui ne sont pas facilement trompées »

Les auteurs sont quelque peu divisés La plupart disent que les preuves ne soutiennent pas la possibilité que les pygmées de l’île ou les Hulking H erectus sont des Denisoviens Une suggestion est de continuer à rechercher les grottes peu explorées de l’ISEA pour les restes de Denisovans Sulawesi est le favori chaud Il possède des outils en pierre datant d’il y a 200 000 à 100 000 ans, ainsi que les plus anciennes peintures rupestres du monde.

Un candidat fossile convaincant devrait avoir l’air plus archaïque que les humains modernes, mais pas aussi archaïque que les hobbits de l’île – et il aurait dû traîner jusqu’à l’arrivée des modernes il y a environ 50000 ans.

L’hypothèse dominante était que les hominins de l’île et H erectus doit tous être super-archaïques – en d’autres termes, leur ensemble de fonctionnalités est si ancien qu’ils doivent avoir parcouru une piste distincte pour les humains modernes depuis deux millions d’années. Mais cette hypothèse pourrait être erronée

«L’évolution devient folle sur les îles», déclare le co-auteur Kris Helgen De petites populations fondatrices et des conditions extrêmes déclenchent le moteur de l’évolution – il y a peut-être 100000 ans à peine, les Denisoviens se sont dirigés vers l’île et ont non seulement rétréci, mais ont également produit des retours vers un état plus ancestral.

Il est possible que H erectus a également évolué de manière imprévue Traditionnellement considéré comme parcourant une voie distincte pour les humains modernes pendant plus de deux millions d’années, tout le monde n’achète pas cette théorie Des recherches antérieures suggéraient que H erectus à Java et en Chine se modernisait au cours de son séjour de deux millions d’années en Asie grâce à des croisements avec de nouveaux hominins en Eurasie

Il est possible qu’une forme modifiée de H erectus – comme la population âgée de 108000 ans retrouvée enterrée sur les rives de la rivière Solo près de Ngandong, Java – pourrait être des Denisoviens

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Actualités – FR – Resserrement du filet sur les Denisovans

Source: https://cosmosmagazine.com/history/palaeontology/tightening-the-dragnet-on-denisovans/

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