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Un coronavirus lié au SRAS-CoV-2 a été trouvé chez des chauves-souris fer à cheval de Shamel capturées au Cambodge en 2010Crédits: Merlin D Tuttle / SPL

Deux congélateurs de laboratoire en Asie ont donné lieu à des découvertes surprenantes Des chercheurs ont déclaré à Nature qu’ils avaient trouvé un coronavirus étroitement lié au SRAS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie, chez des chauves-souris en fer à cheval stockées dans un congélateur au Cambodge Pendant ce temps, une équipe au Japon a signalé la découverte d’un autre coronavirus étroitement lié – également trouvé dans des excréments de chauves-souris congelés

Les virus sont les premiers parents connus du SRAS-CoV-2 à être trouvés en dehors de la Chine, ce qui soutient la recherche de l’Organisation mondiale de la santé en Asie pour déterminer l’origine animale de la pandémie Des preuves solides suggèrent que le SRAS-CoV-2 est originaire de chauves-souris en fer à cheval, mais qu’il soit transmis directement des chauves-souris aux humains, ou par un hôte intermédiaire, reste un mystère

Le virus au Cambodge a été trouvé chez deux chauves-souris fer à cheval de Shamel (Rhinolophus shameli) capturées dans le nord du pays en 2010. Le génome du virus n’a pas encore été entièrement séquencé – ni sa découverte publiée – ce qui rend sa pleine signification pour la pandémie difficile à déterminer

Si le virus est très étroitement lié – ou même un ancêtre du – virus pandémique, il pourrait fournir des informations cruciales sur la façon dont le SRAS-CoV-2 est passé des chauves-souris aux humains, et informer la recherche de l’origine de la pandémie, dit Veasna Duong, virologue à l’Institut Pasteur de Phnom Penh, qui a dirigé la recherche des anciens échantillons au Cambodge et a alerté Nature de leur découverte début novembre Pour fournir de telles informations, le virus devrait partager plus de 97% de son génome avec le SRAS-CoV-2, qui est plus que son plus proche parent connu, selon les chercheurs.

Mais le nouveau virus pourrait être plus éloigné, auquel cas son étude aidera les scientifiques à en savoir plus sur la diversité de cette famille de virus, explique Etienne Simon-Lorière, virologue à l’Institut Pasteur de Paris, qui prévoit pour séquencer le virus, après quoi il sera partagé publiquement

C’est le cas de l’autre virus, appelé Rc-o319, identifié chez un petit fer à cheval japonais (Rhinolophus cornutus) capturé en 2013 Ce virus partage 81% de son génome avec le SRAS-CoV-2, selon un article1 publié le 2 novembre – ce qui le rend trop éloigné pour fournir des informations sur l’origine de la pandémie, déclare Edward Holmes, virologue à l’Université de Sydney en Australie

Peu importe ce que l’équipe cambodgienne trouve, les deux découvertes sont passionnantes car elles confirment que les virus étroitement liés au SRAS-CoV-2 sont relativement communs chez les chauves-souris rhinolophus, et même chez les chauves-souris trouvées en dehors de la Chine, dit Alice Latinne, une évolutionniste biologiste de la Wildlife Conservation Society Vietnam à Hanoi, qui a vu une partie de l’analyse de l’équipe cambodgienne mais n’a pas participé à l’enquête

“C’est ce que nous recherchions et nous l’avons trouvé”, déclare Duong «C’était à la fois passionnant et surprenant”

Les résultats suggèrent également que d’autres parents du SRAS-CoV-2 non encore découverts pourraient être stockés dans des congélateurs de laboratoire, déclare Aaron Irving, chercheur en maladies infectieuses à l’Université du Zhejiang à Hangzhou, en Chine, qui prévoit également de tester des échantillons stockés de chauves-souris et autres mammifères pour les anticorps contre le SRAS-CoV-2

«Je ne m’attendais pas à trouver un parent du SRAS-CoV-2», déclare le virologue Shin Murakami de l’Université de Tokyo, qui faisait partie de l’équipe qui a décidé de tester à nouveau des échantillons d’animaux congelés pour les virus à la suite de la pandémie

Seule une poignée de coronavirus connus sont étroitement liés au SRAS-CoV-2, y compris son parent connu le plus proche RaTG13 Il a été découvert chez des rhinolophus affinis (Rhinolophus affinis) dans la province chinoise du Yunnan en 2013, et n’a été publié2 que plus tôt cette année. Il existe également plusieurs autres coronavirus, trouvés dans d’autres chauves-souris rhinolophus et pangolins capturés entre 2015 et 2019, que les scientifiques savent maintenant être étroitement liés au SRAS-CoV-2

“Le SARS-CoV-2 n’était probablement pas un tout nouveau virus qui est apparu soudainement Les virus de ce groupe existaient avant que nous en prenions connaissance en 2019 », explique Tracey Goldstein, directrice associée du One Health Institute de l’Université de Californie à Davis, qui est impliquée dans l’équipe cambodgienne.

L’équipe de Duong a capturé les chauves-souris en fer à cheval de Shamel au Cambodge dans le cadre du projet PREDICT financé par le gouvernement américain, qui a étudié la faune sauvage dans le monde entier à la recherche de virus à potentiel pandémique pendant des décennies et s’est terminé plus tôt cette année. En avril, l’Agence américaine pour le développement international a accordé au programme 3 millions de dollars supplémentaires et une prolongation de 6 mois pour rechercher des preuves du SRAS-CoV-2 dans des échantillons d’animaux – principalement des chauves-souris, ainsi que des pangolins et d’autres animaux – qui étaient assis dans des congélateurs de laboratoire au Laos, en Malaisie, au Népal, en Thaïlande, au Vietnam et au Cambodge Un rapport complet de ces enquêtes est attendu dans les semaines à venir

Duong dit que le séquençage préliminaire du génome d’un court fragment du nouveau virus de la chauve-souris – 324 paires de bases de long – a montré qu’il était similaire à la même région dans le SRAS-CoV-2 et RaTG-13, suggérant que les trois sont étroitement liés Cette région est hautement conservée dans les coronavirus, dit Latinne, et est souvent utilisée pour identifier rapidement si un virus est nouveau ou connu Mais on ne sait pas encore si RaTG-13 ou le nouveau virus est plus étroitement lié au SRAS-CoV-2

C’est difficile à dire avec un si petit fragment, dit Vibol Hul, virologue également à l’Institut Pasteur au Cambodge, qui a piégé les chauves-souris fer à cheval de Shamel à l’entrée d’une grotte en 2010 Les génomes des coronavirus les plus connus contiennent environ 30000 paires de bases

Dans une autre analyse, l’équipe cambodgienne a séquencé environ 70% du génome du nouveau virus à l’aide de la technologie disponible localement, explique Erik Karlsson, virologue à l’Institut Pasteur au Cambodge, qui a aidé à analyser les chauves-souris. Les instructions pour les parties cruciales du virus, telles que les gènes codant pour la protéine de pointe que les coronavirus utilisent généralement pour pénétrer dans les cellules, manquaient dans cette séquence. Le séquençage de cette section indiquera si ce virus peut infecter les cellules humaines, dit Duong

Le nouveau virus devrait être similaire à au moins 99% au SRAS-CoV-2 pour être un ancêtre immédiat du virus pandémique actuel, dit Irving Les génomes de RaTG13 et de SRAS-CoV-2 ne diffèrent que de 4%, mais cette divergence représente entre 40 et 70 ans d’évolution puisqu’ils partagent un ancêtre commun Bien que des décennies d’intervalle, les virus sont suffisamment similaires pour utiliser le même récepteur pour pénétrer dans les cellules Des études cellulaires suggèrent que RaTG13 pourrait infecter les gens

Parmi les coronavirus connus liés au SRAS-CoV-2, le Rc-o319 nouvellement découvert semble être le plus éloigné, dit Duong

Dans des études sur les cellules, l’équipe japonaise a découvert que le virus ne pouvait pas se lier au récepteur utilisé par le SRAS-CoV-2 pour pénétrer dans les cellules humaines, ce qui suggère qu’il ne pourrait pas infecter facilement les humains.

Shin dit que ses collègues ont capturé plus de chauves-souris au Japon plus tôt cette année et prévoient de les tester pour les coronavirus Et en octobre, Hul est retourné dans la grotte du nord du Cambodge pour attraper plus de chauves-souris

Davantage de coronavirus liés au SRAS-CoV-2 existent probablement dans les populations de chauves-souris rhinolophus, qui vivent dans la région, dit Holmes «J’espère qu’un ou plusieurs d’entre eux seront si étroitement liés au SRAS-CoV-2 que nous pouvons le considérer comme le véritable ancêtre”

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La nature

ISSN 1476-4687 (en ligne)

Coronavirus, Virus, Syndrome respiratoire aigu sévère, Cambodge

Actualités – GB – Coronavirus étroitement liés au virus pandémique découvert au Japon et au Cambodge
Titre associé :
Coronavirus étroitement liés à la pandémie virus découvert au Japon et au Cambodge
Des scientifiques trouvent une souche de coronavirus au Japon et au Cambodge de près Lié au SARS-CoV-2

Source: https://www.nature.com/articles/d41586-020-03217-0

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