De nouvelles données interrogeables au niveau du code postal fournissent un aperçu détaillé de la façon dont les variantes contagieuses ont maintenu le nombre de cas à New York à un niveau alarmant

Le nombre de nouveaux cas de coronavirus à New York est resté alarmant et obstinément élevé pendant des semaines, alors même que des dizaines de milliers de personnes sont vaccinées quotidiennement

Une raison probable est que des variantes plus contagieuses ont remplacé les formes originales du virus, ont déclaré des responsables de la santé publique, représentant plus de 75% des nouveaux cas, selon une analyse récente.

Chaque semaine, le département de la santé publie les résultats d’un échantillonnage de jusqu’à 1 500 cas séquencés, fournissant un instantané à l’échelle de la ville des variantes à la hausse.

Jusqu’à cette semaine, la ville n’avait pas précisé quelles variantes étaient les plus courantes dans quels quartiers Mais les données nouvellement disponibles au niveau du code postal fournissent un aperçu du mélange de variantes circulant dans la région

En février et mars, deux variantes de Covid-19 – B1526 (détecté pour la première fois à New York) et B117 (détecté pour la première fois dans l’UK) – est devenue la forme dominante du virus dans NOuiC Deux autres variantes ont depuis pris pied dans la ville: P1 (détecté pour la première fois au Brésil) et B1351 (détecté pour la première fois en Afrique du Sud)

Remarques: les points sont placés au hasard dans chaque code postal et ne correspondent pas aux adresses exactes Les pourcentages indiquent la part du total des cas séquencés par le laboratoire d’intervention en cas de pandémie

Ces informations nous rappellent vivement que la dynamique de l’épidémie de New York a changé au cours des derniers mois et que les formes originales du virus sont de plus en plus inhabituelles dans toute la ville.

« Cela rend quelque chose d’assez abstrait et peut-être moins accessible que beaucoup plus tangible pour les gens, » Dr Denis Nash, épidémiologiste à la CUNY Graduate School of Public Health and Health Policy, a déclaré à propos des données «Le paysage change rapidement »

Une variante découverte pour la première fois à New York, B1526, s’est répandu plus largement dans la ville que tous les autres jusqu’à présent Il y a également eu une augmentation significative des cas liés à la B117 variante, qui a été détectée pour la première fois en Grande-Bretagne l’année dernière et représente désormais près de 30% des nouveaux cas séquencés à New York

Le B117 variante a provoqué de nouvelles flambées de maladie de la Pologne au Michigan On estime qu’il est 60% plus contagieux et deux tiers plus mortel que la forme originale du virus Cette variante est désormais la principale source de nouvelles infections aux États-Unis et en Europe

Mais pas à New York, où B1526 reste la variante la plus répandue, comprenant environ 45% des cas séquencés à partir de la quatrième semaine de mars

Remarque: les estimations de variantes sont faites par un sous-ensemble d’échantillons soumis au laboratoire d’intervention en cas de pandémie et ne sont pas nécessairement représentatives de toutes les infections dans la ville. La généralisabilité peut changer de semaine en semaine

De nombreuses questions sur B1526, comme s’il provoque une maladie plus grave ou peut échapper à la protection accordée par les vaccins, restent sans réponse

Quant à savoir lequel est le plus contagieux – B117 ou B1526 – Les responsables de la santé ne sont pas encore sûrs «Nous n’avons pas suffisamment d’informations pour le discerner en ce moment», a déclaré le commissaire à la santé de la ville, le Dr Dave Chokshi

Dans le Queens, Manhattan et Brooklyn, le B1526 variantes représentaient plus de 50% de tous les cas séquencés entre le 16 mars et le 1er avril Dans le Bronx, la part de B1526 était de 61 pour cent

L’un des rares endroits où B117 semble être responsable de la majorité des cas le long de la pointe sud de Staten Island, qui est aux prises avec des charges de cas élevées depuis des mois et présente actuellement certains des taux de positivité les plus élevés de la ville.

À travers Staten Island, B117 représentaient 40% des nouveaux cas séquencés entre le 16 mars et le 1er avril Dans le Queens, Brooklyn et Manhattan, B117 représentaient une part plus faible, de 26 à 29% dans ces arrondissements Dans le Bronx, B117 ne représentaient que 23% des cas séquencés

Malgré la prédominance des variantes, les hospitalisations n’ont pas augmenté dans la ville ces dernières semaines et sont en fait en légère baisse Et les cas sont stables, mais à un niveau élevé «Pour moi, c’est rassurant», a déclaré le Dr Wafaa El-Sadr, épidémiologiste à la Mailman School of Public Health de l’Université Columbia «Nous assistons peut-être aux débuts d’un effet vaccinal »

Au cours d’une semaine donnée, environ un à deux mille cas positifs de coronavirus à New York sont séquencés – c’est-à-dire que le matériel génétique du virus est examiné pour des mutations Cela représente environ quatre à huit pour cent des nouveaux cas de la ville de New York La majorité de ces cas sont séquencés dans un laboratoire de Long Island City exploité par Opentrons, une société de robotique.

À la demande du Times, le directeur général de la société, Jonathan Brennan-Badal, a partagé des données au niveau du code postal pour environ 7500 cas séquencés, expliquant que ces informations pourraient aider à identifier les besoins en ressources supplémentaires – y compris les tests et les vaccinations – était le meilleur

Le service de santé de la ville utilise les séquences de ce laboratoire, connu sous le nom de laboratoire d’intervention en cas de pandémie, comme base pour son échantillon hebdomadaire mesurant la prévalence de chaque variante

Mais même avec des milliers d’échantillons séquencés, les données ont encore des limites importantes La plupart de ses échantillons de coronavirus proviennent du système hospitalier public de la ville et des sites de test parrainés par la ville Il reçoit beaucoup d’échantillons de certains quartiers, mais peu d’autres

« Le nombre limité de variantes séquencées jusqu’à présent rend difficile de parvenir à des conclusions quant à savoir si certains quartiers sont plus gravement touchés que d’autres », explique le Dr El-Sadr a dit

Chaque point sur les cartes de densité ci-dessus est placé dans le code postal d’un New-Yorkais dont l’échantillon de coronavirus a été séquencé au laboratoire d’Opentrons Mais les quartiers avec beaucoup de points ne correspondent pas nécessairement aux points chauds du coronavirus La densité des points s’explique souvent par la présence d’un centre de test de la ville à proximité

En revanche, les quartiers avec peu de points ne sont pas forcément exempts de variantes Cela signifie simplement que peu d’échantillons de coronavirus à partir de là ont atteint le laboratoire

Il y a des angles morts dans le Bronx, le Queens et la moitié sud de Manhattan Dans certains codes postaux, trop peu d’échantillons ont été séquencés pour tirer des conclusions solides À Roosevelt Island, par exemple, un seul cas a été séquencé

La ville a publié lundi séparément un rapport basé sur les données au niveau du code postal du laboratoire d’intervention en cas de pandémie, ainsi que du laboratoire de la ville. Il a également montré la proportion de B117 et B1526 cas en croissance rapide

Le rapport indique que B1526 cas ont été détectés dans les cinq arrondissements, mais étaient légèrement plus fréquents dans le Bronx et certaines parties du Queens B117 cas ont également été trouvés dans toute la ville, mais étaient légèrement plus fréquents dans le sud de Brooklyn, l’est du Queens et Staten Island

Les responsables de la ville ont déclaré que les cartes montraient une transmission généralisée des variantes et qu’elles étaient un rappel important pour les gens de ne laisser tomber leurs gardes dans aucun quartier.

«La meilleure façon de lutter contre cette menace est de vacciner tout le monde le plus rapidement possible», a déclaré le Dr Jay Varma, conseiller principal en santé publique au bureau du maire «La réalité est que vous courez le risque de l’un de ces problèmes, où que vous soyez »

Dr Chokshi a déclaré que la répartition géographique des variantes illustrait l’endroit où les variantes avaient été détectées et leur étendue dans la ville, des questions posées par les responsables de la santé depuis des semaines.

La surveillance des clusters dans certains quartiers pourrait conduire à des informations sur des variantes qui jusqu’à présent sont restées un peu un mystère pour les responsables de la santé

Parce que B1526 semble avoir émergé localement à New York, le Dr Nash a déclaré qu’il s’attendrait à ce qu’il circule davantage dans les zones à haut niveau de transmission communautaire.

Tout au long de la pandémie, ceux-ci ont eu tendance à être des parties les plus pauvres de la ville, où les conditions de vie sont plus encombrées et les emplois ont nécessité de se présenter en personne La carte le confirme en grande partie

Dans les codes postaux où plus de 20 pour cent de la population vit dans la pauvreté, il y avait environ trois fois plus de B1526 affaires séquencées en B117 cas entre le 1er mars et le 1er avril Dans les codes postaux avec moins de pauvreté, B1526 cas étaient juste deux fois plus nombreux que B117

Dans un effet inverse, les taux de vaccination ont également tendance à être plus faibles dans les quartiers les plus durement touchés qui ont eu plus de transmission communautaire pendant la pandémie Une partie de cela est due à l’hésitation à la vaccination, et d’autres à des problèmes d’accès La ville a essayé de résoudre ce problème avec des campagnes de vaccination ciblées

L’abondance de variantes détectées dans la ville a créé un défi compliqué pour les responsables de la santé

Certaines variantes – comme celles trouvées pour la première fois au Brésil, P1, et Afrique du Sud, B1351, qui apparaissent maintenant en petit nombre à New York – portent une mutation qui semble permettre au virus d’échapper partiellement aux anticorps d’une infection antérieure La variante trouvée pour la première fois en Afrique du Sud semble également rendre les vaccins moins efficaces

La variante détectée pour la première fois à New York, B1526, semble s’accompagner de deux formes de mutation

Plus de la moitié des B1526 circulant à New York porte désormais une mutation similaire à celles portées par les variants découverts en Afrique du Sud et au Brésil, selon le département de la santé de la ville de New York.

Selon les chercheurs, une autre version de la variante contient une mutation différente, ce qui pourrait aider le virus à se lier plus étroitement aux cellules humaines et le rendre plus contagieux. Cependant, il n’y a pas encore de preuve dans le monde réel que B1526 entraîne une infection plus grave ou est plus susceptible d’éluder les anticorps d’infections ou de vaccins antérieurs, bien qu’il soit à l’étude, ont déclaré des responsables de la ville.

Le P1 variante, qui a été liée à une flambée de cas au Brésil, a été détectée environ deux douzaines de fois à New York entre le 16 mars et le 1er avril, principalement dans le Queens Une poignée de cas de B1351 ont été trouvés pour la plupart sur Staten Island ces dernières semaines

« C’est juste un rappel que non seulement nous sommes interconnectés dans la ville, mais que nous sommes interconnectés dans le monde entier », a déclaré le Dr Nash, «et ce qui se passe là-bas peut arriver ici aussi, si nous ne faisons pas attention »

New York, Coronavirus

News – GB – Comment les variantes de coronavirus se propagent à New York
Titre associé :
Comment les variantes de coronavirus se propagent dans le nouveau York City
NYC dit que les variantes maintiennent les nombres de cas stables
Plus de 70% de tous les cas de COVID-19 à New York pourraient être liés à des variantes et pourraient expliquer pourquoi quotidiennement

Source: https://www.nytimes.com/2021/04/13/nyregion/new-york-city-coronavirus-variants.html

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